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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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玛吉.斯班多斯 , 贝塔·巴斯克斯 , 阿尔巴·弗洛雷斯 , 英玛·奎瓦斯 , 玛利亚·迪亚兹 , 露丝·迪亚斯 , 玛尔塔·阿莱多 , 邱惠祺 , 赫苏斯·卡斯特洪 , 路易斯·卡叶赫 , 阿德里安娜·帕兹 , 纳瓦·尼姆利 , 伊西娅尔·卡斯特罗
卡尔·厄本,迈克尔·伊雷,莉莉·泰勒,麦肯锡·克鲁克,迈克尔·埃尔比,乔·史密斯,敏卡·凯利,Kristine Cofsky,朱国安,查得·莱利,达蒙·海瑞曼,蒂姆·科勒赫,神奈川宏幸,托比·莱文斯,李利强,莎拉·格雷,劳拉·雅各布斯
帕特里克·斯图尔特,安东尼·阿吉吉,莱瓦尔·伯顿,Mica Burton,Ashlei Sharpe Chestnut,丹尼尔·戴维斯,迈克尔·多恩,乔纳森·弗雷克斯,盖茨·麦克法登,阿曼达·普拉莫,洁蕊·瑞恩,玛丽娜·赛提斯,布伦特·斯皮内,Marco Vazzano
施瑞·阿普莱碧,纳塔莉·凯利,艾什丽·斯科特,康斯坦斯·齐默,乔安娜·布拉迪,格内维夫·布彻纳,布伦南·埃利奥特,乔什·凯利,弗雷迪·史卓玛,弗兰西娅·莱莎,克里斯蒂·莱恩,杰弗里·鲍耶-查普曼,西沃恩·威廉姆斯,布瑞达·伍尔,梅丽莎·玛丽·埃利亚斯,安德里亚·布鲁克斯
