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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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斯蒂芬妮·马蒂尼,埃莉萨·巴特沃思,杰米·布莱克利,芬恩·艾利厄特,阿梅利亚·克拉克森,伊恩·哈特,阿纳斯·费达拉维修斯,米莉·布拉迪,马克·罗利,艾米莉·考克斯,詹姆斯·诺斯科特,伊万·米切尔,阿德里安·布薛特,托比·瑞格波,蒂莫西·英纳斯,阿德里安·席勒,伊娃·柏西斯托
凯瑟琳·麦菲,艾里克·巴弗尔,珍妮特·瓦尼,里卡多·乌尔塔多,克雷利·伯杰,艾迪·斯比安,Shiloh Verrico,Brooklynn MacKinzie,Alexander Neher,Griffin McIntyre,Pyper Braun,Jamie Martin Mann,Sean Patrick Bryan
乔安娜·加西亚,布洛克·艾略特,希瑟·海德利,克里斯·克莱因,贾斯汀·布恩宁,卡尔森·罗兰德,Logan Allen,安妮莉丝·扎治,Dion Johnstone,杰米·琳·斯皮尔斯,Chris Medlin,Harlan Drum,Sam Ashby,亨特·巴克,艾尔-贾勒尔·诺克斯,阿利森·金,卡罗琳·拉格菲尔特,迈克尔·梅伊,特雷西·邦纳,杰森·麦克唐纳,亚当·弗里斯托,威廉·麦克·麦库洛,布鲁克·杰伊·泰勒,加里·维克斯
史蒂夫·佩姆伯顿,里斯·谢尔史密斯,希欧布罕·芬内朗,马克·博纳尔,苏珊·沃卡曼,乔尔·弗莱,菲利帕·邓恩,查理·库珀,娜塔莉·多默尔,马修·凯利,埃迪·马森,凯瑟琳·凯丽,雯叶特·罗宾逊,阿德里安·斯卡伯勒,海莉·斯奎尔斯,多萝西·阿特金森
