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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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尼古拉斯·亚历山大·查韦斯,库珀·科奇,哈维尔·巴登,科洛·塞维尼,内森·连恩,艾莉·葛瑞那,Alex Anagnostidis,Tessa Auberjonois,Walter Belenky,Ethan Bell,Nate Blair,米克·布鲁,雷·巴佛,杰森·巴特勒·哈纳,拉里·克拉克,Amari Deity,Andrew Horen,玛琳娜·福特,迈克尔·盖拉迪斯,莱斯利·格罗斯曼,查理·霍尔
莎拉·夏希,迈克·沃格尔,克雷格·比尔克,李丽君,亚当·德莫斯,沃利斯·戴,乔纳森·萨多斯基,迪兰·布鲁斯,达流士·胡马云,萨米·奥斯曼,Margaret Odette,Cleo Anthony,David Tomlinson,Phoenix Reich,Jamaal Ellis
乔什·拉德诺,杰森·席格尔,艾丽森·汉妮根,尼尔·帕特里克·哈里斯,寇碧·史莫德斯,阿什利·威廉姆斯
杰克·巴农,本·奥德里基,帕洛玛·费丝,艾玛·科林,瑞恩·弗莱彻,海恩斯利·劳埃德·班纳特,杰森·弗莱明,多萝西·阿特金森,伊恩·普莱斯顿-戴维斯,理查德·克洛西尔,波利·沃克,艾玛·帕茨,哈里特·斯莱特,杰西卡·埃勒比,本·威金斯,拉蒙·蒂卡拉姆,梅丽莎·纳奇布尔,西蒙·戴伊,马诺伊·阿南德,安娜·钱斯勒,布鲁斯·约翰逊,尼克·欧文福特,丹尼·韦伯,萨姆·霍尔,奈杰尔·贝茨,马丁·萨维奇,亚历克斯·米尔斯,莎拉·弗林德,尤安·迈克纳顿,马库斯·史密斯
