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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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詹米·多南,希尔德加德·斯罗德,安东尼·麦凯,杰克·凯西,帕特里克·法比安,奥拉维尔·达里·奥拉夫松,威尔弗里德·霍赫霍尔丁格,萨莉·哈姆森,何塞·加西亚,皮特·布科夫斯基,阿宾·格雷亚,朱利叶斯·费梅尔,阿加莎·罗塞勒,卡莉·瑞斯,尼古拉斯·博斯克,克里斯蒂安·恰克瓦里,米克洛斯·贝雷斯,Merlin·Leonhardt,Georg·Bütow,Billy·Rayner,安娜·扎伊科娃
克里斯蒂安娜·保罗,约瑟芬·约伯特,露丝·布莱德利,雨果·贝克,阿德,Melanie Neu,彼得·锡顿-克拉克 ,Set Sj?strand,Duncan Green,Benjamin Stender,中岛健人,路易斯·兰多,Anna Elena Pepe,Kai Portman,杜尔西·斯马特,威廉·迈克尔·罗伯茨
Michael Rainey Jr.,尚恩·约翰逊,詹尼·保罗,梅兰妮·利伯德,Lovell Adams-Gray,帕顿·阿什布洛克,Daniel Bellomy,贝尔托·科隆,Paige Hurd,Alix Lapri,Woody McClain,马索·曼恩,LaToya Tonodeo,拉伦兹·泰特,玛丽·布莱姬,斯科特·科恩,马克·费厄斯坦,杰夫·赫普内尔,黛比·摩根,索莱达·奥布莱恩,Yvonne Perry,莱德曼,丹尼尔·逊亚塔,弗兰克·威利
