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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
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亨利·路易斯·盖茨 , Malik Kaddu , Lamin Tamba , Fabio Abraham , Richard Leakey , Kazeem Tosin Amore , George Lamptey
鲍勃·奥登科克,乔纳森·班克斯,蕾亚·塞洪,帕特里克·法比安,迈克尔·曼多,迈克尔·麦基恩,小艾德·博格里,Mark Proksch,凯尔·柏海莫,Stoney Westmoreland,Jessie Ennis,Omar Maskati,Eileen Fogarty,艾利克斯·迪塞尔,Dave Racki
大卫·伯伦纳兹,小尼尔·布朗,A·J·巴克利,托尼·特拉克斯,拉菲·巴索米安,博·纳普,贾德·罗德曼,阿隆娜·塔尔,杰西卡·帕尔,迪伦·沃尔什,瑞恩·巴布科克,帕里萨·法赫里,阿莱克斯·费尔南德斯,泰勒·格雷,Mathew Trent Hunnicutt,Peter Lindstedt,贾斯廷·梅尔尼克,德里克·菲利普斯,Ryan Sangster,汤姆·沃斯
汉娜·乔恩-卡门,艾伦·阿什莫,卢克·马可法莱恩,汤米-安珀·皮里,帕特里克·加洛,克里斯塔·布里吉斯,杰瑞米·雷蒙德,Thom Allison,Sean Baek,摩根·凯利,Tamsen McDonough,詹姆斯·霍克斯雷
